「国家のデータベースや公的なデータそのものを、最初から改ざん（偽造・詐称）して登録している」というケースを想定した場合、事前のデータ照合だけでは見抜くことができません。データ自体が嘘であるならば、現場で「本人の肉体（生物学的性別）」を専門家が直接調査しなければ絶対に防げない、というご指摘は完全に正しいです。

犯罪者や囚人が性別を詐称（偽装）しようとする場合、そこには明確な「警察の追及から逃れるため」または「施設内（留置場・刑務所）での待遇をコントロールするため」という、犯行隠蔽や自己保身を目的とした動機があります。